Klinisch nut van Droplet Digital PCR van BCR-ABL1-transcripten van patiënten met Philadelphia-chromosoom-positieve acute lymfoblastische leukemie te monitoren Publish-chimere antigeenreceptor 19/22 T-celcocktailtherapie

Philadelphia chromosoom-positieve acute lymfatische leukemie (Ph ⁺  ALL) is verantwoordelijk voor 20-30% van de volwassen patiënten met ALL, gekenmerkt door translocatie van  t  _{(9, 22)} . Tyrosinekinaseremmers (TKI’s) hebben de uitkomst aanzienlijk verbeterd, hoewel er nog steeds enkele problemen zijn, waaronder terugval als gevolg van resistente mutaties en suboptimale moleculaire remissiediepte. Eerder rapporteerden we de veiligheid en werkzaamheid van sequentiële infusie van CD19/22 chimere antigeenreceptor T-cel (CAR-T) immunotherapie bij de behandeling van recidiverende/refractaire (R/R) B-celneoplasmata, waaronder gevallen met Ph ⁺ ALLE. Gezien de mogelijke diepere reactie, werd verwacht dat meer patiënten een optimale minimale residuele ziekte (MRD) respons zouden bereiken. Een alternatieve methode, duplex droplet digitale PCR (ddPCR) met hoge gevoeligheid werd vastgesteld, die absolute kwantificering van MRD zou kunnen bieden zonder de noodzaak van kalibratiecurven. Hier verzamelden we retrospectief 95 beenmergmonsters van 10 patiënten met R/R Ph ⁺ , die 19/22 CAR-T-cel- cocktailtherapie kregen .

Met title sequentiële moleculaire remissie gedurende meer dan three maanden (SMR3), een significante indicator op foundation van ddPCR na CAR-T-infusie, werd gedefinieerd als een sequentiële moleculaire remissie gedurende niet <three maanden met negatieve MRD. In dit cohort werd geen recidief waargenomen bij zes patiënten die SMR3 bereikten, van wie er vier een allogene hematopoëtische stamceltransplantatie (allo-HSCT) accepteerden na een CAR-T-celregime. Helaas kregen de andere vier patiënten die geen SMR3 bereikten een terugval en kregen ze geen additional specifieke behandeling behalve het CAR-T-regime. Samenvattend kan ddPCR een alternatief zijn, vooral wanneer nucleïnezuur in de klinische praktijk onvoldoende was. Het niet behalen van SMR3 kan een vroege waarschuwing zijn voor een mogelijke terugval na CAR-T en wijst op de begin van andere therapieën, waaronder allo-HSCT.

Kwantitatieve detectie en monitoring van  Colletotrichum  in rubberbomen met behulp van real-time PCR

Colletotrichum siamense  is een van de belangrijkste ziekteverwekkers van rubberbomen in Azië. Een goede detectie en kwantificering van  C. siamense  populaties in rubberbomen is van belang voor het monitoren van de epidemieën van de ziekte. In deze studie hebben we een op ITS gebaseerde real-time PCR-methode ontwikkeld om C. siamense-  infecterende rubberboom efficiënt te detecteren  , die betrouwbaar slechts 100 fg genomisch DNA, 100 kopieën doel-DNA en 20 conidia detecteerde. Het real-time PCR-protocol herkende alle   isolaten van C. siamense verzameld uit drie provincies in China , terwijl er geen amplificatie werd waargenomen met rubberboom en zijn andere pathogenen. Detectie en kwantificering van  C. siamense werden uitgevoerd in kunstmatig en natuurlijk geïnfecteerde rubberbladeren.

We konden C. siamense nog steeds detecteren   in plantenmengsels waarvan slechts 0,0001% van het weefsel geïnfecteerd was. Een accumulatie van  C. siamense-  DNA werd waargenomen tijdens het hele infectieproces in alle drie de bladfenologische stadia, wat suggereert dat de real-time PCR- methode kan worden gebruikt om de   ontwikkeling van C. siamense in rubberbomen te volgen. Ten slotte maakte de methode de detectie van  C. siamense mogelijk  in natuurlijk geïnfecteerde en symptoomloze bladeren van rubberbomen in de velden. In vergelijking met eerdere detectiemethoden is de realtime PCR-methode specifieker en gevoeliger, en zal van groot nut zijn voor research die gericht zijn op een beter begrip van de epidemiologie van Colletotrichum-bladziekte, evenals de voorspelling van het ziekterisico en het bestrijdingsvoorstel.

Integratie van microfluïdische monstervoorbereiding en uitwisseling van DNA-oplossingen te onderzoeken

In dit artikel hebben we een microfluïdisch apparaat met gebogen kanalen toegepast om DNA te scheiden van water dat PCR-remmer bevat en ze tegelijkertijd in schoon water te wassen voor detectie met behulp van een draagbare PCR-thermocycler. Milieu-DNA (eDNA) bemonstering is een effectieve onderzoeksaanpak geworden voor het opsporen van zeldzame organismen. eDNA-moleculen met een lage concentratie kunnen echter worden gemaskeerd door PCR-remmers tijdens amplificatie en detectie, waardoor het risico op fout-negatieven toeneemt. Daarom zijn er dringend technologieën nodig voor het scheiden en wassen van DNA ter plaatse. Ons apparaat bestond uit een microkanaal met een halve cirkel met een monsterinlaat voor DNA-remmer , een schone bufferinlaat en meerdere uitlaten.

Door gebruik te maken van de door stroming geïnduceerde traagheidskrachten, werden 10 m DNA-geconjugeerde microdeeltjes gefocust op de binnenwand van het gebogen microkanaal, terwijl scheiding van 1 m remmer-geconjugeerde microdeeltjes en DNA-wassing gelijktijdig met de Dean-stroom werden bereikt. We bereikten singleplex focussering, isolatie en wassen van 10 μm deeltjes met een efficiëntie van 94,5 ± 2,0% . In duplex-experimenten met deeltjes van 1 m en 10 m werden grotere deeltjes gewassen met een efficiëntie van 92,1 ± 1,6% en een zuiverheid van 79 ± 2%.

Door de microdeeltjes aan het oppervlak te functionaliseren met affiniteitsgroepen tegen Atlantische zalm-DNA en humuszuur (HA), en door monsters van verschillende concentraties in ons apparaat te verwerken, hebben we een effectieve zuivering en detectie van DNA-moleculen bereikt met behulp van de draagbare PCR-thermocycler. Onze methode verminderde vital de PCR-kwantificeringscycli van Cq> 38 tot Cq = 30,35 ± 0,5, wat de verbetering van PCR-amplificatie bevestigde. Het voorgestelde apparaat zet een veelbelovende stap voorwaarts in de monstervoorbereiding naar een geïntegreerd apparaat dat kan worden gebruikt voor gelijktijdige zuivering en oplossinguitwisseling van DNA in omgevingsbewakingstoepassingen op het punt van behoefte.

SARS-Conegatieve COVID-19-patiënten tijdens pandemie

 

Achtergrond:  Bij afwezigheid van PCR-detectie van SARS-CoV-2-RNA is een nauwkeurige diagnose van COVID-19 een uitdaging. Een lage dosis computertomografie (CT) detecteert longinfiltraten met een hoge gevoeligheid, maar de bevindingen kunnen niet-specifiek zijn. Deze studie beoordeelt de diagnostische waarde van SARS-CoV-2- serologie voor patiënten met verschillende CT-kenmerken maar negatieve PCR.

Methoden:  IgM/IgG chemiluminescente immunoassay werd uitgevoerd voor 107 patiënten met bevestigde (groep A: PCR+; CT ±) en 46 patiënten met verdenking (groep B: repetitieve PCR-; CT+) COVID-19, opgenomen in een Duits universitair ziekenhuis tijdens de eerste golf van de pandemie. Een gestandaardiseerde, interne CT-classificatie van radiologische tekenen van een virale longontsteking werd gebruikt om de kans op COVID-19 te beoordelen .

Resultaten:  Seroconversiepercentages (SR) bepaald op dag 5, 10, 15, 20 en 25 na het start van de symptomen (SO) waren 8%, 25%, 65%, 76% en 91% voor groep A, en 0%, 10% , 19%, 37% en 46% voor respectievelijk groep B; (p < 0,01). Vergeleken met gehospitaliseerde patiënten met een niet-gecompliceerd beloop (niet-IC-patiënten), trad seroconversie meestal met een lagere frequentie op en vertraagde bij patiënten op intensive care-afdelingen. SR van patiënten met CT-bevindingen geclassificeerd als hoge zekerheid voor COVID-19 waren 8%, 22%, 68%, 79% en 93% in groep A, vergeleken met 0%, 15%, 28%, 50% en 50% in groep B (p < 0,01). SARS-CoV-2-serologie stelde een definitieve diagnose bij 12/46 groep B-patiënten. Bij 88% (8/9) van de patiënten met negatieve serologie > 14 dagen na het start van de symptomen (groep B), bracht klinisch-radiologische herbeoordeling van de consensus aan het licht dat er andere waarschijnlijke diagnoses waren dan COVID-19 . De gevoeligheid van SARS-CoV-2-serologie was superieur aan PCR > 17d na het start van de symptomen.

Conclusies:  Ongeveer een derde van de patiënten met duidelijke COVID-19 CT- bevindingen wordt door PCR negatief getest op SARS-CoV-2 RNA, wat een correcte diagnose moeilijk maakt. Implementatie van SARS-CoV-2-serologietests naast de huidige op CT/PCR gebaseerde diagnostische algoritmen verbetert de discriminatie tussen COVID-19-gerelateerde en niet-gerelateerde longinfiltraten bij PCR-negatieve patiënten. De gevoeligheid van SARS-CoV-2-serologie hangt echter sterk af van het tijdstip van testen en wordt superieur aan PCR na de ^2e  week na het start van de symptomen.

2×Taq PCR Master Mix(with dye)
K1034-50	ApexBio	50×1 ml	EUR 616.8

2 × Taq Plus Master Mix
P211-01	Vazyme	5 ml	EUR 160.8

2 × Taq Plus Master Mix
P211-02	Vazyme	15 ml	EUR 231.6

2 × Taq Plus Master Mix
P211-03	Vazyme	50 ml	EUR 466.8

2 × Rapid Taq Master Mix
P222-01	Vazyme	5 ml (5×1ml)	EUR 144

2 × Rapid Taq Master Mix
P222-02	Vazyme	15 ml (15×1ml)	EUR 183.6

2 × Rapid Taq Master Mix
P222-03	Vazyme	50 ml (50 x 1 ml)	EUR 308.4

2 × Rapid Taq Master Mix
P222-04	Vazyme	50 ml (10×5ml)	EUR 308.4

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-1000	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 992.89

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-200	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 291.41

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-S	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 83.75

2× EpiArt HS Taq Master Mix
EM201-01	Vazyme	1ml	EUR 174

2× EpiArt HS Taq Master Mix
EM201-02	Vazyme	5 ml (5×1ml)	EUR 363.6

2× EpiArt HS Taq Master Mix
EM201-03	Vazyme	15 ml (15×1ml)	EUR 770.4

2 × Taq Master Mix (Dye Plus)
P112-01	Vazyme	5 ml	EUR 140.4

2 × Taq Master Mix (Dye Plus)
P112-02	Vazyme	15 ml	EUR 175.2

2 × Taq Master Mix (Dye Plus)
P112-03	Vazyme	50 ml	EUR 283.2

Accuris Hot Start Taq Master Mix
PR1001-HS-1000	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 589.04

Accuris Hot Start Taq Master Mix
PR1001-HS-200	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 203.36

Accuris Taq Master Mix Red Dye
PR1001-R-1000	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 360.31

Accuris Taq Master Mix Red Dye
PR1001-R-200	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 145.94

Accuris Taq Master Mix Red Dye
PR1001-R-S	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 83.75

Taq PCR Master Mix (2X, Blue Dye)
BS9295	Bio Basic	1ml	EUR 101.76

Taq PCR Master Mix (2X, Blue Dye)
BS9296	Bio Basic	5ml	EUR 227.04

Taq PCR Master Mix (2X, Red Dye)
BS9297	Bio Basic	1ml	EUR 101.76

Taq PCR Master Mix (2X, Red Dye)
BS9298	Bio Basic	5ml	EUR 227.04

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-01	Vazyme	5 ml	EUR 159.6

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-02	Vazyme	15 ml	EUR 231.6

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-03	Vazyme	50 ml	EUR 466.8

2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)
EM202-01	Vazyme	1ml	EUR 174

2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)
EM202-02	Vazyme	5 ml (5×1ml)	EUR 363.6

2× EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus)
EM202-03	Vazyme	15 ml (15×1ml)	EUR 770.4

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-01	Vazyme	5 ml	EUR 160.8

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-02	Vazyme	15 ml	EUR 231.6

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-03	Vazyme	50 ml	EUR 466.8

Accuris Hot Start Taq Master Mix Red Dye
PR1001-HSR-1000	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 589.04

Accuris Hot Start Taq Master Mix Red Dye
PR1001-HSR-200	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 203.36

Accuris Hot Start Taq Master Mix Red Dye
PR1001-HSR-S	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 83.75

Taq DNA Polymerase with dNTP Mix (6000U)
9K-001-0018	Bio Basic	6000U	EUR 1536.74

Taq DNA Polymerase with dNTP Mix (500U)
9K-001-0031	Bio Basic	500U	EUR 351.28

Taq DNA Polymerase with dNTP Mix (3000U)
9K-001-0032	Bio Basic	3000U	EUR 1088.87

Taq DNA Polymerase with dNTP Mix (1000U)
9K-001-0034	Bio Basic	1000U	EUR 518.84

Green Taq Mix
P131-01	Vazyme	5 ml	EUR 142.8

Green Taq Mix
P131-02	Vazyme	15 ml	EUR 180

Green Taq Mix
P131-03	Vazyme	50 ml	EUR 297.6

Jade? Master Mix
M1105-500	Biovision	each	EUR 529.2

Taqman Master Mix
M1121-500	Biovision	each	EUR 529.2

Fast Probe Master Mix with Rox (200 rxn)
31016	Biotium	2x1mL	EUR 280.8
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 2x1mL

Fast Probe Master Mix with Rox (500 rxn)
31016-1	Biotium	5x1mL	EUR 559.2
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 5x1mL

Fast Probe Master Mix with Rox (5000 rxn)
31016-2	Biotium	50x1mL	EUR 4645.2
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 50x1mL

amfiSure PCR Master Mix
P0311-010	GenDepot	2x50 rxns	EUR 151.2

amfiSure PCR Master Mix
P0311-025	GenDepot	5X50 rxns	EUR 198

amfiSure PCR Master Mix
P0311-050	GenDepot	10X50 rxns	EUR 262.8

amfiSure PCR Master Mix
P0311-100	GenDepot	10x1ml	EUR 343.2

amfiSure PCR Master Mix
P0311-125	GenDepot	15X50 rxns	EUR 333.6

amfiSure PCR Master Mix
P0311-200	GenDepot	20x1ml	EUR 562.8

amfiSure PCR Master Mix
P0311-250	GenDepot	50x50 rxns	EUR 902.4

amfiSure PCR Master Mix
P0311-500	GenDepot	100x50 rxns	EUR 1509.6

amfiXpand PCR Master Mix
P0331-010	GenDepot	2X50 rxns	EUR 181.2

amfiXpand PCR Master Mix
P0331-025	GenDepot	5X50 rxns	EUR 327.6

amfiXpand PCR Master Mix
P0331-050	GenDepot	10X50 rxns	EUR 537.6

amfiXpand PCR Master Mix
P0331-250	GenDepot	50x50 rxns	EUR 2247.6

2 × AceTaq Master Mix
P411-01	Vazyme	1 ml	EUR 142.8

2 × AceTaq Master Mix
P411-02	Vazyme	5 ml	EUR 189.6

2 × AceTaq Master Mix
P411-03	Vazyme	15 ml	EUR 314.4

Taqman Master Mix-iCycler
M1122-500	Biovision	each	EUR 529.2

Taqman Master Mix-ROX
M1124-500	Biovision	each	EUR 529.2

Taqman Master Mix-Multiplex
M1125-500	Biovision	each	EUR 529.2

Taq DNA Polymerase - 5,000 units with separate dNTP Mix
3245d	Intact Genomics	1/EA	EUR 802.8

Fast-Taq DNA Polymerase with 10mM dNTP Mix (500U)
9K-001-0003	Bio Basic	500U	EUR 575.22

Fast-Taq DNA Polymerase with 10mM dNTP Mix (2500U)
9K-001-0004	Bio Basic	2500U	EUR 2465.38

High-Taq DNA Polymerase with 10mM dNTP Mix (250U)
9K-001-0005	Bio Basic	250U	EUR 384.17

High-Taq DNA Polymerase with 10mM dNTP Mix (4x250U)
9K-001-0006	Bio Basic	4x250U	EUR 1055.98

High-Taq DNA Polymerase with 10mM dNTP Mix (5000U)
9K-001-0020	Bio Basic	5000U	EUR 2878.8

Volatile Organics Mix
60-BIG-MIX	Scientific Laboratory Supplies	1ML	EUR 120.84

5 Component Mix
AOAC-MIX-1	Scientific Laboratory Supplies	EACH	EUR 117.42

Seamless cloning Master Mix (Kit)
B632219	Bio Basic	40RXN, 40prep	EUR 319.96

amfiSure Prime PCR Master Mix
P1311-025	GenDepot	5X50 rxns	EUR 193.2

amfiSure Prime PCR Master Mix
P1311-050	GenDepot	10X50 rxns	EUR 262.8

amfiSure Prime PCR Master Mix
P1311-125	GenDepot	15X50 rxns	EUR 327.6

amfiSure Prime PCR Master Mix
P1311-500	GenDepot	100x50 rxns	EUR 1485.6

amfiSure Advanced PCR Master Mix
P2311-025	GenDepot	5X50 rxns	EUR 198

amfiSure Advanced PCR Master Mix
P2311-050	GenDepot	10X50 rxns	EUR 267.6

amfiSure Advanced PCR Master Mix
P2311-125	GenDepot	15X50 rxns	EUR 338.4

amfiSure Advanced PCR Master Mix
P2311-250	GenDepot	50x50 rxns	EUR 902.4

amfiSure Advanced PCR Master Mix
P2311-500	GenDepot	100x50 rxns	EUR 1534.8

2 × Vazyme LAmp Master Mix
P311-01	Vazyme	1 ml	EUR 164.4

2 × Vazyme LAmp Master Mix
P311-02	Vazyme	5 ml	EUR 254.4

2 × Vazyme LAmp Master Mix
P311-03	Vazyme	15 ml	EUR 481.2

2 × Phanta Max Master Mix
P515-01	Vazyme	1 ml	EUR 174