Vergelijking van PCR en fenotypische methoden voor de detectie van methicillineresistente  Staphylococcus aureus 

Achtergrond en doelstellingen:  Resistentie tegen methicilline in methicilline-resistente stammen van  Staphylococcus aureus  (MRSA) is te wijten aan de aanwezigheid van het  mec-A-  gen, dat codeert voor een penicillinebindend eiwit met lage affiniteit (PBP)-2a of PBP2. Nauwkeurige en snelle identificatie van MRSA in klinische monsters is essentieel voor een tijdige beslissing over een effectieve behandeling. Het doel van de studie was om drie verschillende methoden voor de detectie van MRSA te vergelijken, namelijk cefoxitineschijfdiffusie, CHROM-agar MRSA en VITEK-2-gevoeligheid met PCR, de gouden standaardreferentiemethode, en om het antibioticumgevoeligheidspatroon van deze isolaten te vinden door VITEK- 2.

Materialen en methoden:  Er werden in totaal 100 niet-duplicaat-   isolaten van S. aureus verzameld uit verschillende klinische monsters bij zowel poliklinische als klinische patiënten. Detectie van MRSA onder deze isolaten werd gedaan door cefoxitineschijfdiffusie , VITEK-2 , CHROM-agar-MRSA en PCR.

Resultaten:  De gevoeligheid en specificiteit van cefoxitineschijfdiffusie en Vitek bleek 97,2% en 100% te zijn, terwijl die van CHROM-agar 100% en 78,6% bleek te zijn. De totale prevalentie van MRSA in onze studie met PCR was 72%.

Conclusie:  Op foundation van de bevindingen in onze studie kunnen isolaten die een cefoxitine-zonediameter < 22 mm vertonen, worden gerapporteerd als MRSA. Die isolaten met een zonediameter tussen 22-24 mm moeten echter idealiter worden bevestigd door middel van PCR.

Een snelle multiplex PCR-test voor soortidentificatie van Aziatische rijstplanthoppers (Hemiptera: Delphacidae) en de toepassing ervan op nimfen in het vroege stadium in rijstvelden

Rijst (Oryza sativa L.) is het belangrijkste graangewas in veel Aziatische landen. De Aziatische rijstsprinkhanen, Nilaparvata lugens (Stål) (bruine sprinkhaan), Sogatella furcifera (Horváth) (witrugsprinkhaan) en Laodelphax striatellus (Fallén) (kleine bruine sprinkhaan) (Hemiptera: Delphacidae), zijn de economisch meest belangrijke plagen van rijst. Deze drie soorten rijstsprinkhanen komen vaak samen voor in hetzelfde rijstveld. Traditioneel is de soortidentificatie van individuen van de drie rijstplanthoppersoorten gebaseerd op morfologische kenmerken, maar nauwkeurige discriminatie van nimfen in het vroege stadium is erg moeilijk, zelfs voor deskundige onderzoekers. In deze studie hebben we een snelle eenstaps multiplex PCR-test ontwikkeld met behulp van geconserveerd en soortspecifiek 5.8S-ITS2 rDNA genprimers voor gelijktijdige identificatie van individuen van de drie rijstplanthoppersoorten.

De multiplex PCR-resultaten toonden aan dat de drie soorten rijstplanthopper nauwkeurig konden worden geïdentificeerd op foundation van de lengte van het resulterende amplicon, ongeacht het individuele ontwikkelingsstadium. Bovendien hebben we deze take a look at toegepast voor de eerste nauwkeurige kwantificering van nimfen in het beginstadium van elke rijstplanthoppersoort in rijstvelden. We ontdekten met identify dat de soortensamenstelling van nimfen in het vroege stadium niet kan worden geëxtrapoleerd van die van volwassenen. Zo vergemakkelijkt de hier ontwikkelde multiplex-PCR- take a look at de detectie van elke rijstplanthoppersoort aan het start van uitbraken in rijstvelden.

Retrospectieve observationele RT-PCR-analyses van 688 child’s van 843 SARS-CoV-2-positieve moeders, placenta-analyses en diagnostische analyses, beperkingen dat verticale transmissie mogelijk is

Onderzoeksvraag:  Is er verticale transmissie (van moeder op child prenataal of intrapartum) na een met SARS-CoV-2 (COVID-19) geïnfecteerde zwangerschap?

Onderzoeksopzet:  een systematische zoektocht met betrekking tot SARS-CoV-2 (COVID-19) , zwangerschap, neonatale complicaties, virale en verticale transmissie. De looptijd was van december 2019 tot mei 2020.

Resultaten:  In totaal werden 84 onderzoeken met 862 COVID-positieve vrouwen geïncludeerd. Twee research hadden doorlopende zwangerschappen, terwijl 82 research 705 child’s, 1 miskraam en 1 medicamenteuze zwangerschapsafbreking (MTOP) omvatten. De meeste publicaties (50/84, 59,5%) rapporteerden kleine aantallen (<5) positieve child’s. Uit 75 onderzoeken waren 18 child’s COVID-19-positief. De eerste diagnostische take a look at met omgekeerde transcriptie-polymerasekettingreactie (RT-PCR) werd gedaan bij 449 child’s en 2 verliezen, 2e RT-PCRwerd gedaan bij 82 child’s, IgM-tests werden gedaan bij 28 child’s en IgG-tests werden gedaan bij 28 child’s. Bij de eerste RT-PCR rapporteerden 47 onderzoeken de testtijd, terwijl 28 onderzoeken dat niet deden. Positieve resultaten in de eerste RT-PCR werden gezien bij 14 child’s. Het vroegst getest bij de geboorte en de gemiddelde tijd van het resultaat was 22 uur. Drie child’s met een negatieve eerste RT-PCR werden positief op de tweede RT-PCR op dag 6, dag 7 en na 24 uur, wat na 1 week nog steeds positief was. Vier onderzoeken met in totaal Four placenta-uitstrijkjes waren positief en toonden SARS-CoV aan -2 gelokaliseerd in de placenta. In 2 onderzoeken waren 10 exams voor vruchtwater positief voor SARS-CoV-2. Deze 2 child ‘s bleken positief op RT-PCR bij seriële testen.

Conclusie:  Diagnostisch testen in combinatie met incubatietijd en placenta-pathologie wijzen op een grote kans dat verticale overdracht van SARS-CoV-2 (COVID-19) van moeder op child tijdens de bevalling mogelijk is.

Gevoeligheid van SARS-CoV-2 RNA-polymerasekettingreactie met behulp van een klinische en radiologische referentiestandaard: Klinische gevoeligheid van SARS-CoV-2 PCR

Doelstellingen:  Diagnostische exams voor SARS-CoV-2 zijn belangrijk voor epidemiologie , klinische behandeling en infectiebeheersing. Beperkingen van oro-nasopharyngeale real-time PCR-gevoeligheid zijn beschreven op foundation van vergelijkingen van enkelvoudige exams met herhaalde bemonstering. We hebben de klinische gevoeligheid van SARS-CoV-2 PCR beoordeeld met behulp van een klinische en radiologische referentiestandaard.

Methoden:  Tussen maart en mei 2020 ondergingen 2060 patiënten thoracale beeldvorming en SARS-CoV-2 PCR-testen. Beeldvorming werd onafhankelijk dubbel- of driedubbel gerapporteerd (indien discordantie) door geblindeerde radiologen volgens radiologische standards voor COVID-19 . We hebben asymptomatische patiënten uitgesloten en patiënten met alternatieve diagnoses die beeldvormingsbevindingen zouden kunnen verklaren. Associaties met PCR-positiviteit werden beoordeeld met binomiale logistische regressie.

Resultaten:  901 patiënten hadden mogelijke/waarschijnlijke beeldvormingskenmerken en klinische symptomen van COVID-19 en 429 patiënten voldeden aan de klinische en radiologische referentiegevalsdefinitie. SARS-CoV-2 PCR-gevoeligheid was 68% (95% betrouwbaarheidsinterval 64-73), was het hoogst 7-Eight dagen na het start van de symptomen (78% (68-88)) en was lager bij huidige rokers (gecorrigeerde odds ratio 0,23 ( 0,12-0,42) p<0,001).

Conclusies:  bij patiënten met klinische en beeldvormende kenmerken van COVID-19 was de gevoeligheid van de PCR-test 68% en lager bij rokers; een bevinding die observaties van een lagere ziekte-incidentie zou kunnen verklaren en die verdere validatie rechtvaardigt. PCR-tests moeten worden geïnterpreteerd rekening houdend met beeldvorming , symptoomduur en rookstatus.

Vergelijking van microscopie en PCR voor detectie van  Giardia Lamblia  en  Entamoeba Histolytica  in monsters van menselijke stoelgang in een omgeving met beperkte middelen in West-Kenia

Achtergrond: Een  nauwkeurige diagnose van Giardia lamblia en Entamoeba histolytica is belangrijk, aangezien deze darmparasieten wereldwijd een aanzienlijk deel van de morbiditeit en mortaliteit vertegenwoordigen. Microscopie is de belangrijkste diagnostische take a look at die wordt gebruikt voor de diagnose van de twee parasieten. Andere exams, waaronder snelle diagnostische exams en polymerasekettingreacties, zijn ontwikkeld om de detectie van deze parasieten te verbeteren. De meeste van deze nieuwere exams zijn niet betaalbaar in omgevingen met beperkte middelen, vandaar de overmatige afhankelijkheid van microscopie. Het doel van deze studie was om de betrouwbaarheid van microscopie te bepalen in een omgeving met beperkte middelen in West-Kenia, een regio die endemisch is voor de twee darmparasieten.

Methoden:  Polymerasekettingreactie, de gouden standaardtest, werd uitgevoerd op ontlastingsmonsters die verdacht werden van G. lamblia en E. histolytica. Microscopie werd vervolgens uitgevoerd op dezelfde monsters en de twee exams werden vergeleken.

Resultaten:  Microscopie bleek 64,4% gevoelig te zijn, 86,6% specifiek voor de detectie van G. lamblia. Bovendien was deze take a look at 64,2% gevoelig en 83,6% specifiek voor de diagnose van E. histolytica. Cohen’s kappa-waarden van 0,51 en 0,47 werden bepaald voor microscopie voor respectievelijk G. lamblia en E. histolytica. De take a look at van McNemar onthulde een vital verschil tussen de twee exams, P<0,001.

Conclusie:  Deze studie vond microscopie een betrouwbare diagnostische take a look at in deze beperkte omgeving.